コンパイラは、可能な限り最良のコードを生成するために、アプリケーションで多くの変換を行います。変換の例としては、値をメモリではなくレジスタに格納する、余剰なコードを削除する、計算の順序をより効率的に変更する、数値演算をより安価な処理に置換するなどが挙げられます。

リンカによって実行される最適化もあるため、リンカもコンパイルシステムの構成要素の一部と考える必要があります。たとえば、すべての未使用の関数、変数は削除され、最終的な出力には含まれません。